(1)马晓丹（3/5）, 大豆叶部病害智能诊断关键理论技术研究,黑龙江省人民政府,科学技术奖（自然）,三等奖,2015
(2)马晓丹(5/7)，万寿菊高产栽培体系的研究，黑龙江省人民政府，科学技术奖（进步），三等奖，2010
(3)马晓丹(6/7)，智能化农业信息处理核心技术研究，黑龙江省人民政府，科学技术奖（进步），二等奖，2009
(4)马晓丹（2/9）, 垦区大豆病虫害专家系统的研究,黑龙江省农垦总局,科技进步奖,一等奖,2013
(5)马晓丹（3/14）, 大豆叶部病害远程智能诊断与监控系统的研究,黑龙江省农垦总局,自然科学奖,一等奖,2013
代表论著：
[1]马晓丹,郭彩玲,张雪,等,基于三维点云颜色特征的苹果树冠层光照分布计算方法,农业机械学报, 第46卷,第6期,263-268页,2015(EI)
[2]马晓丹,刘刚,冯娟,等,成熟期苹果树冠层器官异源图像配准,农业机械学报,第45卷,第4期,82-88页,2014(EI)
[3]马晓丹,孟庆宽,张丽娇,等,图像拼接重建苹果树冠层器官三维形态，农业工程学报,第30卷,第12期, 154-162页,2014(EI)
[4]马晓丹,刘刚,周薇,等,基于量子遗传模糊神经网络的苹果果实识别,农业机械学报,第44 卷,第12 期,227-232页,2013(EI)
[5]马晓丹,谭峰,许少华,基于量子神经网络的马铃薯早疫病诊断模型,农业机械学报,第42卷,第6期,174-178页,2011(EI)
[6]马晓丹,左豫虎,关海鸥,等，基于物联网的垦区大豆病害远程诊断技术研究，沈阳农业大学学报，第44卷，第4期，498-501页，2013
[7]马晓丹,关海鸥,祁广云,等，植物叶片智能分析系统的设计，中国农业大学学报，第17卷，第5期，155-159页，2012
